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王初

 

王初

 

电子邮件: chuwang(at)pku(dot)edu(dot)cn

电话: +86-10-62758644(办公室); +86-10-62768657(实验室)

办公室北京大学化学学院B241室,100871

实验室主页:  www.chem.pku.edu.cn/wangchulab

 

研究方向: 

    主要通过化学蛋白质组学,生物化学和计算生物学等多种跨领域的技术和手段,大规模发掘蛋白质组中被内源生物小分子或外源化学药物分子特异修饰的功能位点和靶点,并深入研究这些修饰对蛋白质的结构、功能以及其所在的细胞内新陈代谢和信号传导通路的影响。这些研究将有力地推动在后基因组时代人们对大量未知蛋白功能注释的进程,揭示其在各种新陈代谢通路中的关键作用,以及从分子水平上解释多种病理环境的形成和诱因,为相关的药物和治疗手段的研发提供理论基础。目前初步的工作设想包括以下几个方面的内容:(1)运用化学生物学和化学蛋白质组学的技术大规模挖掘在细胞处于氧化应激(oxidative stress)条件下,被内源亲电性小分子代谢产物所特异共价修饰的氨基酸功能位点。(2)运用生物化学、细胞生物学以及药物化学等诸多实验方法对在细胞氧化应激条件下这些被修饰的位点做深入的功能性研究,以揭示这些修饰对蛋白质结构功能和所在的代谢通路的影响。(3)研发计算结构生物学分子对接(protein-ligand docking)的方法,对小分子配体对蛋白质共价修饰进行结构模拟预测和分子设计,以用于小分子酶抑制剂的开发、药物设计以及对未知蛋白的功能注释。

 

代表性科研论文: 

1. Wang C#, Weerapana E, Blewett M, Cravatt BF#. (2014) A chemoproteomic platform to quantitatively map targets of lipid-derived electrophiles. Nature Methods 11:79-85. (#并列通讯作者)
2. Weerapana E*, Wang C*, Simon GM, Richter F, Khare S, Dillon MB, Bachovchin DA, Mowen K, Baker D, Cravatt BF. (2010). Quantitative reactivity profiling predicts functional cysteines in proteomes. Nature 468:790-5. (*并列第一作者)
3. Wang C, Vernon R, Lange O, Tyka M, Baker D. (2010) Prediction of structures of zinc-binding proteins through explicit modeling of metal coordination geometry. Protein Sci 19:494-506.
4. Wang, C., Bradley, P. & Baker, D. (2007). Protein-protein docking with backbone flexibility. J Mol Biol 373, 503-19.
5. Wang, C.*, Schueler-Furman, O.* & Baker, D. (2005). Improved side-chain modeling for protein-protein docking. Protein Sci 14, 1328-39. (*并列第一作者)


 

 

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