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张强锋

张强锋

Email: zhang.lab@biomed.tsinghua.edu.cn

主页:http://zhanglab.life.tsinghua.edu.cn

 

研究方向:

我们实验室是一个结构生物学、基因组学、机器学习和大数据分析等多学科交叉实验室。我们主要的研究兴趣是发展计算和高通量实验相结合的方法,并应用于新兴的结构系统生物学研究:

1.  解析生物大分子(如蛋白、RNA、DNA)结构,特别是使用高通量深度测序的手段来探测RNA二级结构;

2.  阐释生物大分子结构和功能关系,特别是发展蛋白质功能位点,RNA功能模体(motif)等有效预测或发现方法;

3.  发展基于高通量实验和结构建模的方法重建生物大分子如蛋白-蛋白、RNA-RNA、以及蛋白-RNA相互作用网络;

4.  发掘基因组突变导致蛋白及RNA折叠错误以及互作网络失调而引起疾病的机理,以及结合结构和网络发展进一步疾病诊断、预后以及发展可能的治疗手段。

 

代表性科研论文:

1.   Spitale R*, Flynn RA*, Zhang QC*, Pete Crisalli, Byron Lee, Jong-Wha Jung, Hannes Y. Kuchelmeister, Pedro J. Batista, Eduardo A. Torre, Eric T. Kool, and Chang HY. Structural imprints in vivo decode mechanisms of RNA regulation. (2015) Nature. In press.

2.   Chu C, Zhang QC, Texira S, Bharadwaj M, Calabrese M, Magnuson T, Heard H and Chang HY. Developmentally regulated and modular assembly of Xist RNA binding proteins coordinate chromatin silencing. (2015) Cell. Accepted.

3.   Wan Y*, Qu K*, Zhang QC, Manor O, Ouyang Z, Zhang J, Snyder MP, Segal E and Chang HY. Landscape and variation of RNA secondary structure across the human transcriptome. (2014) Nature, 505 (7485), 706-709.

4.   Kasowski M*, Kyriazopoulou-Panagiotopoulou S*, Grubert F*, Zaugg JB*, Kundaje A*, Liu Y, Boyle AP, Zhang QC, Zakharia F, Spacek DV, Li J, Xie D, Steinmetz LM, Hogenesch JB, Kellis M, Batzoglou S, Snyder M. Extensive Variation in Chromatin States Across Human Individuals and Populations. (2013) Science 342 (6159), 750-752.

5.   Zhang QC, Petrey D, Garzon J, Deng L, and Honig B. PrePPI: A structure-informed database of protein-protein interactions. (2013) Nucleic Acids Research, 41:D828-33.

6.   Zhang QC*, Petrey D*, Deng L, Qiang L, Shi Y, Chan AT, Bisikirska B, Lefebvre C, Accili D, Hunter T, Maniatis T, Califano A, and Honig B. Structure-based prediction of protein-protein interactions on a genome-wide scale. (2012) Nature, 490: 556-560. Highlighted by Nature Structural & Molecular Biology 19, 1067: A PrePPI way to make predictions; Nature Methods 9, 1139: Predicting PPIs; Recommended by Faculty of 1000 Prime, http://f1000.com/prime/717959331.

7.   Zhang QC*, Deng L*, Guan J, Honig B and Petrey D. PredUs: a web server for predicting protein interfaces using structural neighbors. (2011) Nucleic Acids Research, 39: W283-87.

8.   Zhang QC, Petrey D, Norel R, and Honig B, Protein interface conservation across structural space. (2010) Proceedings of the National Academy of Sciences, 107(24): 10896-109.  Recommended by Faculty of 1000 prime, http://f1000.com/3534956.

(* Co-first authorship)

 

 

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