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宋晨

        

宋晨

 

电子邮件:c.song(at)pku(dot)edu(dot)cn;

研究领域:计算生物物理

通讯网址:北京市海淀区颐和园路5号 北京大学老化学楼东配楼301-2 100871

实验室主页:http://cqb.pku.edu.cn/songgroup

 

科研经历:
2002年毕业于山东大学物理学院,2007年获得山东大学凝聚态物理理学博士学位,从2007年至2015年先后在澳大利亚西澳大学,德国哥廷根马克思·普朗克研究所生物物理化学所,英国牛津大学进行理论与计算生物物理学研究。2016年起任北京大学定量生物学中心研究员,同时加入生命科学联合中心,入选国家“青年千人计划”。

 

研究方向:
随着基于物理学和化学的理论方法以及计算机软硬件的迅速发展,科学计算和模拟所能达到的精度和尺度都得到了很大的提高,在解释生命现象的微观机理方面起着日益重要的作用;另一方面,膜蛋白作为生命体中一类与细胞膜发生直接相互作用的蛋白质,在细胞的信号传导和物质转运等方面都起着至关重要的作用,因而是诸多药物的靶标分子。
宋晨课题组的主要研究兴趣是运用多尺度的计算模拟方法,包括经典分子动力学,从头算分子动力学,布朗动力学等,对离子通道和抗菌肽等膜蛋白的微观功能机理予以揭示,从分子动力学角度更深入地理解细胞的物质输运和信号转导,抗菌肽的抗菌特异性机理,以及膜蛋白与细胞膜的相互作用等。
除了深入研究相关膜蛋白的微观行为机理外,宋晨课题组也将进一步发展可应用于生物膜系统的理论计算方法,并与相关的实验课题组开展广泛深入的合作,致力于膜蛋白与膜现象的生物物理研究,并探索以膜蛋白或细胞膜为靶标的药物分子的设计与优化。

 

代表性科研论文: 

1. Kutzner, C., Köpfer, D., Machtens, J.-P., de Groot, B. L., Song, C., & Zachariae, U. (2016). Insights into the function of ion channels by computational electrophysiology simulations. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Biomembranes, 1858, 1741–1752.
2. Köpfer, D., Song, C., Gruene, T., Sheldrick, G. M., Zachariae, U., & de Groot, B. L. (2014). Ion permeation in K+ channels occurs by direct Coulomb knock-on. Science, 346, 352–355(共同一作及通讯作者).
3. Song, C., Weichbrodt, C., Salnikov, E. S., Dynowski, M., Forsberg, B. O., Bechinger, B., … Zeth, K. (2013). Crystal structure and functional mechanism of a human antimicrobial membrane channel. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 110, 4586–4591.
4. Song, C., & Corry, B. (2011). Testing the applicability of Nernst-Planck theory in ion channels: comparisons with Brownian dynamics simulations. PLoS One, 6, e21204.
5. Song, C., & Corry, B. (2010). Ion Conduction in Ligand-Gated Ion Channels: Brownian Dynamics Studies of Four Recent Crystal Structures. Biophys. J., 98, 404–411.
6. Song, C., & Corry, B. (2009). An intrinsic ion selectivity of narrow hydrophobic pores. J. Phys. Chem. B, 113, 7642–7649.

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