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邓伍兰

 

邓伍兰

 

电子邮件: wdeng(at)pku(dot)edu(dot)cn

 

 

研究领域

 

染色质环境中的转录调控;单分子成像 

 

转录是细胞特异性解读基因组的第一步,也是决定细胞功能和命运的关键步骤。本实验室利用荧光成像,基因组学,生物化学和基因组编辑多种研究手段,研究细胞分化模型和癌症细胞模型中在染色质环境下转录调控的分子机理,以及开发人为控制基因表达的新方法。活细胞中的分子事件是动态发生的而非静止不变的:转录因子在细胞核内与DNA的结合是高度动态和瞬时的,RNA也以爆发式的形式产生。本实验室开发和利用活细胞高速单分子荧光成像技术,研究转录调控因子与染色质的相互作用和在细胞核中的单分子动态,从而阐释转录因子控制细胞状态和命运的机理。染色质在三维空间的构象对远程转录调控至关重要。通过合成特异转录因子可以实现改变染色质三维构象和基因的转录活性。本实验室开发荧光标记基因组DNA的方法,研究染色质空间构象调控的关键蛋白因子,从而探索转录在三维空间的调控机理。

 

 

代表性论文:

1. Deng W† (co-corresponding author), Shi X, Tjian R, Lionnet T and Singer RH†. CASFISH: CRISPR/Cas9 Mediated in situ Labeling of Genomic Loci in Fixed Cells. Proceedings of the National Academy of Sciences. 2015 Sep 22;112(38):11870-5.

2. Knight SC, Xie L, Deng W, Guglielmi B, Witkowsky L, Bosanac L, Zhang E, Beheiry M, Masson J, Dahan M, Liu Z, Doudna JA and Tjian R. Dynamics of CRISPR-Cas9 Genome Interrogation in Living Cells. Science, 2015 Nov 13;350(6262):823-6

3. Deng W*, Rupon JW*, Krivega I, Breda L, Motta I, Jahn KS, Reik A, Gregory PD, Rivella S, Dean A, Blobel GA. Reactivation of developmentally silenced globin genes by forced chromatin looping. Cell, 2014 Aug 14;158(4):849-60.  (*co-first author) 

4. Deng W, Blobel GA. Manipulating nuclear architecture. Curr Opin Genet Dev. 2014 Apr;25:1-7. 

5. Deng W, Lee J, Wang H, Miller J, Reik A, Gregory PD, Dean A and Blobel GA. Controlling long range genomic interactions at a native locus by targeted tethering of a looping factor. Cell, 2012 Jun 8;149(6):1233-44.  (Featured by Cell PaperFlick) 

6. Deng W, Blobel GA. Do chromatin loops provide epigenetic gene expression states? Curr Opin Genet Dev. 2010 Oct;20(5):548-54.

7. Tripic T*, Deng W* (*co-first author), Cheng Y, Zhang Y, Vakoc CR, Gregory GD, Hardison RC, Blobel GA. SCL and associated proteins distinguish active from repressive GATA transcription factor complexes. Blood. 2009 Mar 5;113(10):2191-201.

 

 

 

 

 

   

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