张迪
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研究方向：
组蛋白修饰作为复杂的基因表达调控网络中的一环，在从建立正常的发育过程到因为异常而导致的各种人类疾病中均具有重要作用。令人感到惊奇的是，催化和调节各种组蛋白修饰的酶均需要细胞中间代谢产物作为辅酶，这提示细胞代谢和组蛋白修饰这两条通路间存在着紧密联系。然而，除了乙酰化和甲基化等少数几种组蛋白经典修饰外，细胞中是否存在来源于其他中间代谢产物的组蛋白修饰类型尚属未知领域。而代谢小分子在细胞核中如何参与基因的表达调控这个更广泛而重要的议题则少有人问津。张迪博士首次发现了哺乳动物细胞中分别以乳酸和酮体为来源的两种组蛋白新修饰，并证明了其在内外环境信号刺激下调节基因转录的功能。
课题组目前致力于研究基因表达调控的机理和功能。我们结合生化、分子、细胞，以及转录组，蛋白质组等研究手段，主攻细胞代谢对染色质生物学调控新机制的发现以及相关调控通路在发育，衰老，肿瘤，免疫等生理和疾病中的功能。研究方向主要包括：
1. 新型组蛋白修饰的发现，鉴定及功能研究。
2. 经典细胞代谢关键酶在细胞核中的新功能研究。
3. 代谢小分子对基因转录调控的分子机制及功能研究。
代表性论文
1. Huang H, Zhang D*, Weng Y, Delaney K, Tang Z, Yan C, Qi S, Peng C, Cole PA, Roeder RG, Zhao Y (2021). The regulatory enzymes and protein substrates for the lysine β-hydroxybutyrylation pathway. Sci Adv. 7(9): eabe2771.
2. Zhang D*, Tang Z*, Huang H, Zhou G, Cui C, Weng Y, Liu W, Kim S, Lee S, Perez-Neut M, Czyz D, Hu R, Ye Z, He M, Zheng YG, Shuman H, Ding J, Dai L, Ren B, Robert RG, Becker L, Zhao Y. (2019) Metabolic regulation of gene expression by histone lactylation. Nature. 574: 575-580.
3. Huang H, Zhang D, Wang Y, Perez-Neut M, Han Z, Zheng YG, Hao Q, Zhao Y. (2018). Lysine benzoylation is a histone mark regulated by SIRT2. Nat Commun. 9(1):3374.
4. Sabari BR*, Zhang D*, Allis CD, Zhao Y. (2017). Metabolic Regulation of Gene Expression through Differential Histone Acylation. Nat Rev Mol Cell Biol. 18(2):90-101.
5. Xie Z*, Zhang D*, Chung D*, Tang Z, Huang H, Dai L, Qi S, Li J, Colak G, Chen Y, Xia C, Peng C, Ruan H, Kirkey M, Wang D, Jensen LM, Kwon OK, Lee S, Pletcher SD, Tan M, Lombard DB, White KP, Zhao H, Li J, Roeder RG, Yang X, Zhao Y. (2016). Metabolic Regulation of Gene Expression by Histone Lysine beta-hydroxybutyrylation. Mol Cell. 62 (2):194-206.
6. Goudarzi A*, Zhang D*, Huang H, Barral S, Kwon OK, Qi S, Tang Z, Buchou T, Vitte AL, He T, Cheng Z, Montellier E, Gaucher J, Curtet S, Debernardi A, Charbonnier G, Puthier D, Petosa C, Panne D, Rousseaux S, Roeder RG, Zhao Y‡, Khochbin S‡. (2016). Dynamic Competing Histone H4 K5K8 Acetylation and Butyrylation Are Hallmarks of Highly Active Gene Promoters. Mol Cell. 62(2): 169-80.
7. Zhang Y*, Zhang D*, Liang J, Yi X, Gui B, Yu W, Sun L, Yang X, Han X, Chen Z, Liu S, Si W, Yan R, Wang Y, Shang Y‡. (2016). Nucleation of DNA Repair Factors by FOXA1 Links DNA Demethylation to Transcriptional Pioneering. Nat Genet. 48 (9):1003-13.
8. Li L, Shi L, Yang S, Yan R, Zhang D, Yang J, He L, Li W, Yi X, Sun L, Liang J, Cheng Z, Shi L, Yu W, Shang Y‡. (2016). SIRT7 Is a Histone Desuccinylase that Functionally Links to Chromatin Compaction and Genome Stability. Nat Commun. 7:12235.