网站地图 加入收藏 中文 English
 
首页 中心概况 组织机构 研究队伍 科学研究 人才培养 交流合作 支撑服务 人才招聘 下载专区 联系我们
当前位置:首页 - 科学研究 - 科研进展
科研进展

 

Mol Cell | 生命学院刘念团队揭示L1反转录转座子的转录活性调控染色质拓扑结构域边界的形成

 

  转座子 (transposon) 是基因组中可以移动的DNA,存在于几乎所有生命体中,最早在植物中被发现,并获得了1983年的诺贝尔生理学奖。转座子曾被称为基因组中的‘暗物质’,转座子活性与多种疾病和发育密切相关,但其具体生物学功能仍不清晰。转座子在人基因组中约占50%,其中L1反转录转座子约占人基因组的17%,是目前人体内唯一活跃的、并且能够自主转座的转座子。L1在基因表达调控、基因组变异、疾病发生以及个体发育过程中均发挥重要作用。但是,L1如何影响基因表达以及基因组高级结构至今未被完全理解。

  人的DNA全长约2米,被精密折叠和压缩在只有微米级直径大小的细胞核中,形成了复杂的染色质三维结构。人基因组三维结构直接影响着基因的复制及转录等活性。染色质拓扑结构域 (Topologically Associating Domain, TAD)是染色质高级结构或三维基因组中最基本的结构单元,代表内部间相互接触频率较高的DNA区域。TAD会影响增强子与启动子的相互作用,进而影响基因的表达。染色质拓扑结构域 (TAD)的边界形成主要依赖于CTCF结合位点,然而人细胞中存在约20%不依赖于CTCF的TAD边界,可能与转录活性有关,但相关的分子机制尚不清楚。

 


  2024年4月10日,生命科学联合中心、清华大学生命科学学院刘念课题组在Molecular Cell在线发表了题为SAFB restricts contact domain boundaries associated with L1 chimeric transcription的研究论文,研究发现转录活跃的L1能够富集RNA聚合酶II (Pol II),表达L1嵌合转录本,并产生TAD边界。同时,核基质蛋白Scaffold Attachment Factor B (SAFB) 对L1这一功能具有抑制作用。SAFB通过识别L1 RNA转录本来结合转录活跃的L1 DNA,抑制Pol II在L1上的聚集,从而抑制了L1的表达和TAD边界的形成。作者指出,SAFB的C端E/R-富集区域具有结合L1 RNA和形成相分离的功能,在抑制L1 转录及其染色质结构方面发挥关键作用。通过分析不同细胞中的染色质高级结构,作者发现L1上TAD边界的形成具有细胞特异性,与细胞中L1的转录活性密切相关。并且不同物种基因组中L1的插入数量和位点的差异也导致了相应位点TAD边界的物种特异性。

  综上,该工作发现LINE-1转座子的插入和转录能够形成染色质拓扑结构域边界,而核基质蛋白SAFB特异地抑制这一过程来维护基因组结构和基因表达(图1)。该研究揭示了L1在基因组进化和基因表达调控方面的重要作用,也为研究RNA及RNA结合蛋白在染色质高级结构中的作用提供新思路。

 

图1: 转录活跃的L1可以聚集Pol II形成TAD边界,并影响基因表达;核基质蛋白SAFB主动结合L1 RNA转录本,阻碍Pol II在L1上的聚集来抑制这一过程。

 

  生命科学联合中心、清华大学生命科学学院刘念副教授为本文的通讯作者。生命科学联合中心、清华大学生命科学学院博士后洪雅强、别路垚、PTN项目2019级博士生张涛为本文共同第一作者。生命科学联合中心、清华大学生命科学学院颉伟教授、李丕龙教授,浙江大学医学院第四附属医院朱艳芬教授,生命科学联合中心、清华大学医学院沈晓骅教授对本项研究给予大力帮助。本研究获得了生命科学联合中心、国家重点研发计划、国家自然科学基金会、清华大学自主科研计划、北京生物结构前沿研究中心的经费支持。

 

原文链接:https://authors.elsevier.com/a/1ivF93vVUPRlmA

 

实验室主页:http://liulab.life.tsinghua.edu.cn/

研究领域:转座子及RNA调控功能研究

  长期招聘博士后,优先考虑具有生物信息学、RNA及染色质生物学等相关专业背景的申请者。有意申请者请将个人简历和推荐人(2-3位)联系方式以及其它相关材料发送至: liunian88@tsinghua.edu.cn。

 

 




版权所有 生命科学联合中心 京ICP备15006448号-5