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课程回顾 | 曾泽贤:空间免疫

2025-11-13    点击:
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课程回顾 | 曾泽贤:空间免疫



2025年11月13日,曾泽贤研究员受邀为生命科学前沿课程开展讲座讲座,其团队深耕空间组学与肿瘤免疫领域,以技术创新为核心,在肿瘤免疫与单细胞空间组学领域取得了一系列具有里程碑意义的成果。此外,曾泽贤团队已建立B站账号,开放科学频道,以青年学者视角同步分享论文背后技术细节与失败经验,推动知识与研究的传播与发展。

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一、肿瘤免疫

曾泽贤研究员认为技术迭代遵循“单细胞→空间→功能”的概念,提出单细胞空间组学是未来的前沿热点。随后,曾老师向同学们介绍了其团队开发的几项重要技术。曾泽贤团队与合作者开发了一个计算于肿瘤免疫靶点识别的网络平台——ICRAFT。ICRAFT整合了来自90 项研究的 558 个 CRISPR 筛选数据集、200 万单细胞 RNA-Seq 数据和 943 个免疫治疗临床样本的 RNA-Seq 数据,系统性挖掘在癌细胞和免疫细胞中具有免疫调节功能的关键基因,从而在系统水平上发现治疗靶点。

基于ICRAFT,曾泽贤团队发现了一批同时作用于癌细胞和T细胞的双效靶点,这些靶点多与自身免疫疾病相关,本质上是免疫激活的"安全开关"。敲除这类靶点后,癌细胞对T细胞杀伤的敏感性显著提升,同时T细胞自身的杀伤能力也会增强。与此同时,通过人群数据分析验证,团队发现携带这些靶点变异的自身免疫疾病患者,患癌后生存状况更优,为肿瘤与自身免疫疾病的关联研究提供了关键证据。因此,研究人可以通过ICRAFT评估特定基因扰动在免疫调控中的作用,以检测癌细胞和免疫细胞,从而识别抑制肿瘤进展和增强抗肿瘤免疫的通路。

二、空间组学技术

单细胞空间组学是生命科学研究的前沿热点。然而,目前仍存在新鲜样本获取困难、配对队列建设受限等问题,曾泽贤团队针对这些痛点难题,开发了一系列颠覆性技术工具与研究方案。例如,曾泽贤团队开发了Stereo-XCR技术,其可在一张5 cm²、存放3年的切片上同步完成.7万TCR克隆及19万BCR克隆的空间解析。团队针对Stereo-seq cDNA文库开发的空间X细胞受体测序平台,能够在亚细胞分辨率下捕获并测序T细胞受体(TCR)与B细胞受体(BCR)的全长序列。该技术同步获取无偏好性的XCR全长序列与空间转录组数据,实现了集成的免疫库和空间表达分析。曾泽贤团队利用Stereo-seq结合纳米孔测序技术,对肾透明细胞癌(ccRCC)肿瘤微环境中的淋巴聚集体进行了TCR/BCR空间特征分析。从空间分布来看,IGL转录本与IgL克隆型的空间分布呈现显著聚集性,且二者丰度呈强相关性。多数淋巴聚集体由单一克隆主导,18个淋巴聚集体仅包含单一克隆类型,体现出高度克隆排他性。结果揭示了ccRCC中淋巴聚集体通过驱动T细胞和B/浆细胞的抗原特异性免疫应答,在塑造肿瘤免疫微环境中发挥关键作用。此外,他们还发现,在结直肠癌肝转移灶中,肿瘤浸润TCR克隆存在抗原特异性迁移与巨噬细胞“交叉呈递陷阱”现象,提出了“巨噬细胞伪装诱导T细胞失能”新机制,并据此设计靶向小核酸药物。

三、总结

曾泽贤团队以交叉学科思维为引领,不仅开发了多项颠覆传统研究模式的技术工具与公共数据平台,更通过打破学科壁垒、整合多模态数据,为生命科学研究提供了全新范式。对于目前热点领域“AI for Science”,曾老师认为,AI研究者需理解生物学家“真正想解决的痛点”,生物学家需利用AI扩大假设空间。未来,随着更多技术的落地与推广,曾泽贤团队将持续为生命科学领域的进步注入新动力,助力实现从基础研究到临床转化的高效跨越。


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