张强锋实验室和胡小玉实验室联合开发
超低起始量全转录组RNA二级结构测量新技术
RNA分子能够折叠成复杂多变的结构，对转录后调控和非编码RNA执行特定功能至关重要 ADDIN EN.CITE ADDIN EN.CITE.DATA 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 [1] 3C456E644E6F74653E3C436974653E3C417574686F723E57616E673C2F417574686F723E3C596561723E323032313C2F596561723E3C5265634E756D3E383C2F5265634E756D3E3C446973706C6179546578743E5B315D3C2F446973706C6179546578743E3C7265636F72643E3C7265632D6E756D6265723E383C2F7265632D6E756D6265723E3C666F726569676E2D6B6579733E3C6B6579206170703D22454E222064622D69643D227365653961667435747476643068657430703935646430637A3564747A72657477327764222074696D657374616D703D2231363430363736343239223E383C2F6B65793E3C2F666F726569676E2D6B6579733E3C7265662D74797065206E616D653D224A6F75726E616C2041727469636C65223E31373C2F7265662D747970653E3C636F6E7472696275746F72733E3C617574686F72733E3C617574686F723E57616E672C20582E20572E3C2F617574686F723E3C617574686F723E4C69752C20432E20582E3C2F617574686F723E3C617574686F723E4368656E2C204C2E204C2E3C2F617574686F723E3C617574686F723E5A68616E672C20512E20432E3C2F617574686F723E3C2F617574686F72733E3C2F636F6E7472696275746F72733E3C617574682D616464726573733E4D4F45204B6579204C61626F7261746F7279206F662042696F696E666F726D61746963732C204265696A696E6720416476616E63656420496E6E6F766174696F6E2043656E74657220666F72205374727563747572616C2042696F6C6F677920616E642046726F6E746965722052657365617263682043656E74657220666F722042696F6C6F676963616C205374727563747572652C2043656E74657220666F722053796E74686574696320616E642053797374656D732042696F6C6F67792C205363686F6F6C206F66204C69666520536369656E6365732C205473696E6768756120556E69766572736974792C204265696A696E672C204368696E612E262378443B5473696E676875612D50656B696E672043656E74657220666F72204C69666520536369656E6365732C204265696A696E672C204368696E612E262378443B5374617465204B6579204C61626F7261746F7279206F66204D6F6C6563756C61722042696F6C6F67792C205368616E67686169204B6579204C61626F7261746F7279206F66204D6F6C6563756C617220416E64726F6C6F67792C204341532043656E74657220666F7220457863656C6C656E636520696E204D6F6C6563756C61722043656C6C20536369656E63652C205368616E6768616920496E73746974757465206F662042696F6368656D697374727920616E642043656C6C2042696F6C6F67792C20556E6976657273697479206F6620746865204368696E6573652041636164656D79206F6620536369656E6365732C204368696E6573652041636164656D79206F6620536369656E6365732C205368616E676861692C204368696E612E262378443B5374617465204B6579204C61626F7261746F7279206F66204D6F6C6563756C61722042696F6C6F67792C205368616E67686169204B6579204C61626F7261746F7279206F66204D6F6C6563756C617220416E64726F6C6F67792C204341532043656E74657220666F7220457863656C6C656E636520696E204D6F6C6563756C61722043656C6C20536369656E63652C205368616E6768616920496E73746974757465206F662042696F6368656D697374727920616E642043656C6C2042696F6C6F67792C20556E6976657273697479206F6620746865204368696E6573652041636164656D79206F6620536369656E6365732C204368696E6573652041636164656D79206F6620536369656E6365732C205368616E676861692C204368696E612E206C696E676C696E676368656E4073696263622E61632E636E2E262378443B5363686F6F6C206F66204C69666520536369656E636520616E6420546563686E6F6C6F67792C205368616E676861695465636820556E69766572736974792C205368616E676861692C204368696E612E206C696E676C696E676368656E4073696263622E61632E636E2E262378443B5363686F6F6C206F66204C69666520536369656E6365732C2048616E677A686F7520496E7374697475746520666F7220416476616E6365642053747564792C20556E6976657273697479206F6620746865204368696E6573652041636164656D79206F6620536369656E6365732C2048616E677A686F752C204368696E612E206C696E676C696E676368656E4073696263622E61632E636E2E262378443B4D4F45204B6579204C61626F7261746F7279206F662042696F696E666F726D61746963732C204265696A696E6720416476616E63656420496E6E6F766174696F6E2043656E74657220666F72205374727563747572616C2042696F6C6F677920616E642046726F6E746965722052657365617263682043656E74657220666F722042696F6C6F676963616C205374727563747572652C2043656E74657220666F722053796E74686574696320616E642053797374656D732042696F6C6F67792C205363686F6F6C206F66204C69666520536369656E6365732C205473696E6768756120556E69766572736974792C204265696A696E672C204368696E612E2071637A68616E67407473696E676875612E6564752E636E2E262378443B5473696E676875612D50656B696E672043656E74657220666F72204C69666520536369656E6365732C204265696A696E672C204368696E612E2071637A68616E67407473696E676875612E6564752E636E2E3C2F617574682D616464726573733E3C7469746C65733E3C7469746C653E524E41207374727563747572652070726F62696E6720756E636F7665727320524E41207374727563747572652D646570656E64656E742062696F6C6F676963616C2066756E6374696F6E733C2F7469746C653E3C7365636F6E646172792D7469746C653E4E6174204368656D2042696F6C3C2F7365636F6E646172792D7469746C653E3C2F7469746C65733E3C706572696F646963616C3E3C66756C6C2D7469746C653E4E6174204368656D2042696F6C3C2F66756C6C2D7469746C653E3C2F706572696F646963616C3E3C70616765733E3735352D3736363C2F70616765733E3C766F6C756D653E31373C2F766F6C756D653E3C6E756D6265723E373C2F6E756D6265723E3C65646974696F6E3E323032312F30362F32373C2F65646974696F6E3E3C6B6579776F7264733E3C6B6579776F72643E416E696D616C733C2F6B6579776F72643E3C6B6579776F72643E48756D616E733C2F6B6579776F72643E3C6B6579776F72643E4E75636C656963204163696420436F6E666F726D6174696F6E3C2F6B6579776F72643E3C6B6579776F72643E524E412F2A6368656D69737472792F6D657461626F6C69736D3C2F6B6579776F72643E3C2F6B6579776F7264733E3C64617465733E3C796561723E323032313C2F796561723E3C7075622D64617465733E3C646174653E4A756C3C2F646174653E3C2F7075622D64617465733E3C2F64617465733E3C6973626E3E313535322D343436392028456C656374726F6E696329262378443B313535322D3434353020284C696E6B696E67293C2F6973626E3E3C616363657373696F6E2D6E756D3E33343137323936373C2F616363657373696F6E2D6E756D3E3C75726C733E3C72656C617465642D75726C733E3C75726C3E68747470733A2F2F7777772E6E6362692E6E6C6D2E6E69682E676F762F7075626D65642F33343137323936373C2F75726C3E3C2F72656C617465642D75726C733E3C2F75726C733E3C656C656374726F6E69632D7265736F757263652D6E756D3E31302E313033382F7334313538392D3032312D30303830352D373C2F656C656374726F6E69632D7265736F757263652D6E756D3E3C2F7265636F72643E3C2F436974653E3C2F456E644E6F74653E00 。活细胞内部RNA结构检测技术是解析RNA结构如何参与调控各项生理过程的基础。然而现有的RNA结构检测技术不仅操作繁杂，还对RNA起始量有着很高的要求，这一局限性使得我们很难利用现有的技术对数量稀少的样品进行RNA二级结构检测。
2022年1月24日，生命中心张强锋组和胡小玉组联合在《自然科学基础研究》（Fundamental Research）杂志上发表了题为“超低起始量全转录组RNA二级结构测量新方法揭示巨噬细胞中Regnase-1调控机制（An ultra low-input method for global RNA structure probing uncovers Regnase-1-mediated regulation in macrophages）”的研究文章 ADDIN EN.CITE Piao202220[2]2020[17]Meiling PiaoPan LiXiaomin ZengXi-Wen WangKang L.Zhang J.Wei Y.Zhang S.Tang L.Zhu J.Kwok. C. K.Hu X.Zhang, Q. C.An ultra low-input method for global RNA structure probing uncovers Regnase-1-mediated regulation in macrophagesFundamental ResearchFundamental Research2-13212022[2]。该工作介绍了一种超低起始量的RNA二级结构检测的新技术smartSHAPE（图1）。smartSHAPE通过结合随机引物逆转录和磁珠上文库构建的策略提高了文库构建的效率；此外，该方法还引入了RNase I消化步骤，进一步提高RNA结构数据的信噪比。smartSHAPE技术只需要1ng RNA作为起始量就能获得全转录组水平高精确度的RNA结构数据。
接着，研究人员利用smartSHAPE在全转录组水平上检测小鼠肠道巨噬细胞中RNA的二级结构，这也是首个在全转录组水平研究哺乳动物原代免疫细胞中RNA二级结构的工作。通过构建柠檬酸杆菌感染的小鼠肠道炎症模型，研究人员从小鼠肠道中分选出两种处于不同免疫状态的巨噬细胞， Ly6Chi 和Ly6Clow 细胞。通过比较这两种巨噬细胞RNA二级结构的差异，研究人员发现这些具有结构差异的转录本富集在与免疫应答相关的基因上，表明RNA结构可能参与了免疫应答相关的调控。
图1. 使用smartSHAPE对小鼠巨噬细胞进行RNA二级结构检测
另外，巨噬细胞受刺激后表达一类细胞因子，编码这些细胞因子的mRNA 3’非编码区域存在含有YRY (R: A或G, Y: C和U)的茎环结构。该结构能够招募RNA内切酶Regnase-1迅速降解该基因，从而抑制免疫应答 ADDIN EN.CITE ADDIN EN.CITE.DATA 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 [3] 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 。为了进一步系统性研究RNA结构在免疫应答过程中的转录后调控作用，研究人员开发了一套新的计算流程，利用巨噬细胞的smartSHAPE结构数据预测出上千个潜在YRY茎环结构，并通过一系列实验证明含有这些结构元件的转录本能够被Regnase-1调控，为进一步深入研究巨噬细胞RNA二级结构奠定了良好基础。
生命科学联合中心/清华大学生命科学学院/结构生物学高精尖创新中心/北京市生物结构前沿研究中心张强锋副教授和清华大学医学院/免疫学研究所的胡小玉教授为该文章的通讯作者。生命中心张强锋组博士毕业生朴美玲、李盼，胡小玉组基础医学专业博士生曾小敏，张强锋组博士后王茜雯为该文章的共同第一作者。胡小玉组已毕业的康兰博士为该工作做出了重要贡献。北京大学未来技术学院汪阳明教授也在该工作中给予了大力的支持和帮助。该研究工作获得了国家科技部重点研发计划、国家自然科学基金委、北京市结构生物学高精尖创新中心及北京市生物结构前沿研究中心、生命科学联合中心、清华大学免疫学研究所的资助。
文章链接：https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2667325821003113
相关论文
ADDIN EN.REFLIST 1. X. W. Wang, C. X. Liu, L. L. Chen, et al., RNA structure probing uncovers RNA structure-dependent biological functions. Nat Chem Biol, 2021. 17(7), 755-766.
2. M. Piao, P. Li, X. Zeng, et al., An ultra low-input method for global RNA structure probing uncovers Regnase-1-mediated regulation in macrophages. Fundamental Research, 2022. 2(1), 2-13.
3. T. Mino, Y. Murakawa, A. Fukao, et al., Regnase-1 and Roquin Regulate a Common Element in Inflammatory mRNAs by Spatiotemporally Distinct Mechanisms. Cell, 2015. 161(5), 1058-1073.
