Nature genetic: 张强锋/汪阳明/席建忠团队开发鉴定同源长非编码RNA的新方法
长非编码RNA（lncRNA）的发现和表征是过去几十年分子生物学领域的重大进展。已有研究成果表明，lncRNA在发育、肿瘤等多种生理和疾病过程中发挥调控作用 ADDIN EN.CITE ADDIN EN.CITE.DATA 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 1-3 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 ，但目前绝大多数lncRNA 的功能仍然未知。通过鉴定不同物种间同源的lncRNA，可以筛选出在进化过程中保守的lncRNA，这些lncRNA也更可能具备重要的功能。但是，由于lncRNA的序列保守性较低 ADDIN EN.CITE ADDIN EN.CITE.DATA 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 4,5 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 ，传统的序列比对方式只能鉴定出极少的不同物种间同源的lncRNA。例如，在斑马鱼和人类上万的lncRNA基因中，通过序列比对只能找到几十个序列保守的同源lncRNA。因此，不管是从lncRNA的理论还是技术方面考虑，目前都亟需一种新的方法来鉴定不同物种之间的同源lncRNA。
2024年1月9日，生命中心张强锋、北京大学汪阳明、席建忠研究团队合作在Nature genetics上发表题为Computational prediction and experimental validation identify functionally conserved lncRNAs from zebrafish to human（计算预测和实验验证鉴定人类和斑马鱼之间功能保守的长非编码RNA）的研究论文。该工作开发了一套新的计算流程，在包括人类、小鼠、斑马鱼在内的8种脊椎动物中，鉴定保守的同源lncRNA，工作同时开发了基于CRISPR的基因敲除和回补筛选系统，通过实验验证了所鉴定的同源lncRNA在不同物种中的保守功能，为该领域的研究提供了新的思路。
该团队开发了一套鉴定不同物种之间同源lncRNA的计算方法（lncHOME）。lncHOME计算方法通过比较基因组和机器学习的人工智能方法，在8种脊椎动物中鉴定出了一类在不同物种中具有保守基因组位置及保守RNA结合蛋白（RBP）结合位点模式的lncRNA（图1）。这些不同物种中潜在同源的lncRNA被命名为coPARSE-lncRNA （lncRNA with conserved genomic locations and patterns of RNA binding protein (RBP) binding sites）。
图1. 鉴定不同物种之间同源lncRNA方法（lncHOME）的计算流程
lncHOME计算方法鉴定了570个在斑马鱼中具有同源基因的人类coPARSE-lncRNA，其中通过序列比对的方式仅仅只能鉴定出17个序列保守的同源lncRNA。相比于非同源的lncRNA，这些coPARSE-lncRNA基因富集了更多疾病相关突变，并且更倾向于在癌症组织中异常表达。这些发现说明coPARSE-lncRNA可能具有重要的生理功能。
接下来，该团队深入探究了所鉴定的同源lncRNA的功能保守性。首先，通过建立CRISPR-Cas12a介导的大片段基因敲除筛选系统，该团队鉴定出了75个能促进癌症细胞增殖的coPARSE-lncRNA，其中37个在HeLa细胞中起重要作用。着该团队进一步开发了一个基于CRISPR-Cas12a的敲除和回补单步系统，应用该系统发现，通过回补预测的斑马鱼同源lncRNA片段，可以挽救其中4个人类coPARSE-lncRNA的敲除所导致的HeLa细胞增殖的缺陷。更有意思的是，在斑马鱼胚胎中敲低这四个斑马鱼的coPARSE-lncRNA会导致严重的胚胎发育延迟，而这些表型可以通过回补人类的同源lncRNA进行挽救。以上结果说明这些同源lncRNA具有很强的功能保守性。
lncHOME算法得到的同源lncRNA具有保守的RBP结合位点模式。根据这一条件推测，coPARSE-lncRNA具有相似的RBP结合图谱。针对其中两条coPARSE-lncRNA，该团队通过RNA沉降结合质谱实验验证了这一假设。更重要的是，对于上面所描述的可以挽救细胞增殖或胚胎发育缺陷的同源lncRNA片段，如果突变其中某些RBP（例如NONO和IGF2BP2）的结合位点，所得到的新的片段无法起到挽救效果。这些突变实验证明了RBP结合位点对coPARSE-lncRNA的功能的重要性。
总而言之，该团队的研究提供了一个基于机器学习的计算分析方法，鉴定得到了一系列在脊椎动物中潜在同源的lncRNA，并通过实验验证了同源lncRNA的功能保守性。这些lncRNA在进化过程中序列保守性逐渐消失，但是却保留着保守的RBP结合模式（图2）。该工作极大地扩展了当前脊椎动物中保守的lncRNA库，为研究lncRNA的进化、功能及作用机制提供了新视角和新资源。
图2. coPARSE-lncRNA的进化以及功能机制模型
清华大学生命科学学院黄文泽博士、熊团林博士及北京大学未来技术学院赵雨亭博士为论文的共同第一作者。生命中心PI张强锋、北京大学未来技术学院的汪阳明教授和席建忠教授为论文的共同通讯作者。中国科学院动物研究所刘峰研究员、衡鉴博士、清华大学生命科学学院韩鸽博士、王鹏飞博士生、北京大学赵志华博士、李娟博士、石铭和汪家震博士生、吴怡霞为论文工作做出了重要贡献。
参考文献
ADDIN EN.REFLIST 1 Ulitsky, I. & Bartel, D. P. lincRNAs: genomics, evolution, and mechanisms. Cell 154, 26-46, doi:10.1016/j.cell.2013.06.020 (2013).
2 Yao, R. W., Wang, Y. & Chen, L. L. Cellular functions of long noncoding RNAs. Nat Cell Biol 21, 542-551, doi:10.1038/s41556-019-0311-8 (2019).
3 Cabili, M. N. et al. Integrative annotation of human large intergenic noncoding RNAs reveals global properties and specific subclasses. Genes Dev 25, 1915-1927, doi:10.1101/gad.17446611 (2011).
4 Derrien, T. et al. The GENCODE v7 catalog of human long noncoding RNAs: analysis of their gene structure, evolution, and expression. Genome Res 22, 1775-1789, doi:10.1101/gr.132159.111 (2012).
5 Hezroni, H. et al. Principles of long noncoding RNA evolution derived from direct comparison of transcriptomes in 17 species. Cell Rep 11, 1110-1122, doi:10.1016/j.celrep.2015.04.023 (2015).
