细胞内同时存在数十种生物分子凝聚体，参与转录调控、RNA代谢、应激响应等核心生命过程。相分离这一物理框架深刻改变了人们的理解：内在无序区（IDRs）富含特定氨基酸，通过静电、疏水及芳香族残基介导的多种弱相互作用，驱动凝聚体形成并介导蛋白质的选择性招募。然而，决定多种共存凝聚体"相融"或"相斥"的分子规律，目前仍知之甚少。凝聚体混溶性（miscibility）取决于同型（homotypic）与异型（heterotypic）相互作用的平衡，但调控这一平衡的序列层面规则至今缺乏系统认知。明确IDR序列特征如何决定混溶性，不仅是凝聚体生物学的基础问题，也对理解凝聚体相关疾病及设计功能性合成凝聚体具有重要意义。

2026年6月8日，生命中心/清华大学李丕龙团队、北京大学李婷婷团队与深圳湾实验室黄恺团队合作，在《自然化学生物学》（Nature Chemical Biology）杂志发表题为IDR凝聚物混溶性中丝氨酸与电荷的相反调控作用（Opposing roles of serine and charge in IDR condensate miscibility）的研究论文。研究团队利用Optodroplet与Corelets两套正交光遗传学系统，在细胞内精准诱导IDR凝聚体形成，以皮尔森相关系数定量混溶程度，并辅以体外重建实验交叉验证，证实凝聚体混溶性是IDR对的稳健内在生物物理属性。在此平台上，研究团队系统测量了28个IDR的378对组合，鉴定出100对混溶与278对不混溶的组合；混溶性得分呈双峰分布，表明凝聚体混溶性具有二态特性。结合氨基酸组成关联分析、靶向突变、蛋白质互作网络及粗粒化分子动力学模拟，从相关性统计到因果验证，首次多维度、系统性揭示了决定凝聚体混溶性的"分子语法"。研究还进一步发现，磷酸化可作为动态开关切换凝聚体的混溶状态。转录因子与Pol II凝聚体之间的混溶性对转录激活输出具有重要影响。

图a.利用两套正交光遗传学系统（Corelets和Optodroplet）定量测量IDR凝聚体混溶性。蓝光激活后，两套系统分别在细胞内形成绿色（GFP）和红色（mCherry）凝聚体；以Pearson r ≥ 0.45为阈值，判定两种凝聚体是否混溶。图b.28个IDR全部378对组合的凝聚体混溶性矩阵。颜色深浅代表Pearson r值，粗黑边框标注混溶对（共100对混溶，278对不混溶）。

核心结论如下：

（1）丝氨酸（S）与芳香族残基（FYW）协同促进混溶性。多种互补分析方法一致表明，FYW和S含量越高，混溶性越强，二者联合富集具有协同增益效应。靶向突变实验从因果层面证明了丝氨酸的直接促混溶作用；即便仅将序列中稀疏分散的少量丝氨酸重新排列为集中的"块状"分布，也足以将原本不混溶的凝聚体对转变为混溶状态，彰显了序列模式对混溶性的强大调控力。

（2）带电残基（EDKRH）是不混溶性的主导驱动因子，且可覆盖丝氨酸的促混溶效应。在带电残基高度富集的IDR中，即使大幅增加丝氨酸含量，也无法有效扭转不混溶的状态；反之，向原本高混溶的IDR中引入带电残基，则可显著将其混溶性压低。带电残基是凝聚体不混溶的显性调控因子，其作用强度凌驾于其他促混溶因素之上。

（3）蛋白质互作网络与分子模拟揭示分子机制。基于蛋白质组尺度的互作网络分析和粗粒化分子动力学模拟发现，S与S之间以及FYW与FYW之间的相互作用在异型界面具有显著偏好，而ED与KRH之间的静电相互作用则偏向同型界面。这一发现从分子层面阐明了两类残基产生相反混溶效应的根本原因：富含丝氨酸与芳香族残基的蛋白倾向于"跨越自我"与他人结合，而高带电蛋白则更倾向于"抱团自守"。

（4）丝氨酸磷酸化作为凝聚体混溶性的动态调控开关。以SRSF1为模型，无论是磷酸化模拟突变还是CLK1激酶介导的真实磷酸化，均以剂量依赖的方式降低SRSF1与RNAPolII凝聚体的混溶性。这表明细胞可以通过激酶信号，将丝氨酸转化为带电残基，动态地在"混溶"与"分离"两种状态之间切换，赋予凝聚体混溶性以精准的时空可塑性。

（5）转录因子与Pol II凝聚体混溶性直接影响转录输出。系统性人工转录因子实验表明，IDR与Pol II凝聚体的混溶程度与转录激活能力正相关。对SOX2、OCT4和N-myc的IDR进行定向改造进一步证实：将带电残基替换为丝氨酸，可提升Pol II混溶性并上调靶基因表达；以带电残基取代丝氨酸，则显著降低混溶性并抑制转录输出。

综上，本研究建立了一套基于氨基酸残基的"分子语法"：丝氨酸和芳香族残基通过促进异型相互作用驱动混溶；带电残基通过强化同型相互作用驱动不混溶；磷酸化作为动态调控开关调节这一平衡。这一语法为预测凝聚体混溶性提供了可操作的序列规则，并将凝聚体混溶性与转录激活相关联，揭示了细胞精细调节基因表达输出的新机制。

凝聚体混溶性的分子语法：丝氨酸（S）和芳香族残基（FYW）促进混溶，二者协同效果最强；带电残基（EDKRH）主导不混溶。磷酸化可将高混溶状态切换为低混溶状态（以SRSF1为例）。转录因子与RNA Pol II凝聚体的混溶程度直接决定转录激活输出。

清华大学博士后、水木学者裴高峰博士、北京大学王欣欣、深圳湾实验室全学波博士、清华大学耿丹倩博士为论文的共同第一作者。清华大学生命科学学院、膜生物学全国重点实验室、北京生物结构前沿研究中心、清华-北大生命科学联合中心李丕龙研究员，北京大学基础医学院李婷婷研究员，以及深圳湾实验室黄恺研究员担任共同通讯作者。清华大学许伟凡博士和2020级博士生陈卓亦有重要贡献。

原文链接：https://www.nature.com/articles/s41589-026-02251-9