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科研进展

 

李磊课题组与合作者构建植物miRNA数据库

 

20191011日,北大-清华生命科学联合中心李磊课题组与北京市林科学院效曾课题组合作在《核酸研究》(Nucleic Acids Research表题为“PmiREN: a comprehensive encyclopedia of plant miRNAs”的研究文。《科技日报》随后以“我国科学家构建综合植物miRNA数据库”为题,报导了这一成果。PmiREN是一个涵盖88个植物物种、包含多种miRNA相关数据的数据,将有助于推植物miRNA功能与演化的研究,并促miRNA基因资源的深入挖掘。

 

miRNA是真核生物中一重要的具有转录控功能的内源小RNA,在植物的生长发育中扮演重要角色,影响器官育、形建成、开花、抗逆等重要生物学程。得益于二代序技展,关于植物miRNA定和功能的研究数据与日俱增,但除了少数模式植物之外,miRNA的相关数据多有疏漏。作者搜集了88个代表性植物的基因序列及对应1537个小RNA序数据,利用作者最新表的植物miRNA释软miRDP2,以一流程和标准对这些物种行了miRNA的鉴定注工作,获得5757个家族共20388个高miRNA位点。此外,作者对各个miRNA对应的基因簇、共线性、表达模式、靶基因、参考文献等信息也行了一挖掘整理,一并呈在数据中。

 

北大-清华生命科学联合中心、北京大学生命科学学院李磊研究和北京市林科学院效曾研究员为该论文共同通作者,北京大学生命科学学院博士研究生郭仲、北京大学前沿交叉学科研究院博士研究生匡正、北京大学李磊课题组博士后王、北京市林科学院永欣博士为共同第一作者。研究工作得到了国家自然科学基金、蛋白质和植物基因工程国家重点实验室、北大-清华生命联合中心、北京大学博雅博士后基金及北京市林科学院等多方支持

 

PmiREN数据库包含88个代表性植物中miRNA的系统注释与比较信息




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